Президент Судана Омар аль-Башир обвинил главу Египта в том, что тот поддерживает повстанцев в Дарфуре, однако Абдель Фаттах ас-Сиси заявил, что никакого заговора против Судана нет. Накануне президент Судана выступал перед военнослужащими. Он заявил, что суданской армией были конфискованы у группировки дарфурских мятежников «египетские броневики».
После данного заявления МИД Египта опровергло данные обвинения. На пресс-конференции Абдель Фаттах ас-Сиси заявил, что Египет всегда проводит устойчивую политику. Главной целью которой является невмешательство во внутренние дела других стран. С 2003 года на западе Судана в регионе Дарфур часто возникают вооруженные конфликты между властью страны и повстанческими группировками. В 2007 году СБ ООН было принято решением направить в регион военных и полицейских совместной миссии ООН и Африканского союза (АС).
Правительство двух стран часто обвиняют друг друга в том, что якобы укрывают своих политических оппонентов. Египетские власти критикуют Судан за то, что страна предоставляет убежище активистам ассоциации «Братья-мусульмане». Также Египет осуждает действия властей Судана за поддержку проекта эфиопских властей по строительству высотной ГЭС. По мнению властей данное строительство уменьшит количество воды в Ниле, что приведет к засухе.
Однако самой большой проблемой для стран остается Халаибский треугольник (район пустыни площадь которого составляет 20,5 тысяч квадратных километров, который расположился на границе Египта и Судана). Административно район относится к египетскому Губернаторству Красного Моря. В Судане считают данный район частью своей территории и заявляют, что Каир оккупировал эту землю.
